En raison de son climat tropical, il est possible de plonger toute l’année à Malpelo.
Janvier à mai est considéré comme la saison sèche. Durant ces mois, vous bénéficierez d’un climat généralement ensoleillé avec une mer plus forte que d’habitude. Les thermoclines peu profondes apportent des eaux plus froides qui se situent en moyenne entre 59 °F et 68 °F (15°C et 20°C). De plus, la visibilité est entravée par la forte concentration de plancton. Si vous voulez voir des requins-marteaux, le meilleur moment pour plonger à Malpelo est entre janvier et mai. C’est aussi le moment idéal pour rencontrer des requins-taureaux.
D’autre part, la saison des pluies se situe entre juin et décembre. La visibilité s’améliore durant ces mois et vous aurez une mer plus calme, des thermoclines plus profondes et des eaux plus chaudes avec des températures comprises entre 78 °F et 82 °F (26 °C et 28 °C). Les plongeurs peuvent apercevoir des requins soyeux (de mai à juillet), ainsi que des requins-baleines pendant la saison des pluies (de juillet à septembre).